La construcción del ferrocarril se debe al esfuerzo y entusiasmo de dos de los políticos y gobernantes más notables, aunque de ideología política totalmente opuesta: El Dr. Gabriel García Moreno y el Gral. Eloy Alfaro.
El ferrocarril, también fue conocido como Ferrocarril del Sur, se inició en 1872, durante la segunda presidencia de Gabriel Garcia Moreno. Después de años de pocos avances, la construcción se aceleró cuando el general Eloy Alfaro llegó a la presidencia en 1895.
El 17 de junio de 1897, el gobierno firmó un acuerdo sobre la construcción del «ferrocarril más difícil del mundo» con los contratistas norteamericanos Archer Harman (de Virginia) y Edward Morley, así comenzó la construcción en el año 1899. Cuatro mil trabajadores jamaicanos participaron en la construcción del ferrocarril, pero los jamaicanos eran cruelmente afectados por la altura, las enfermedades y pestes.
Los carriles llegaron finalmente a un enorme obstáculo: una pared de roca casi vertical llamada «La Nariz del Diablo». Muchas vidas se perdieron en la construcción de lo que se considera como una obra maestra de ingeniería: un zig-zag cavado en la roca, que permite al tren, avanzando y retrocediendo sucesivamente.
Pero no sería sino hasta el nuevo gobierno del Gral. Alfaro, en que el ferrocarril recibiría su último y definitivo impulso. En efecto, Alfaro dedicó grandes esfuerzos a la culminación de la monumental obra, y el 17 de junio de 1908, la Srta. América Alfaro, hija del general, colocó en la vía férrea un clavo de oro como símbolo de que la obra había llegado a su fin, abriendo las puertas del progreso a todas las poblaciones y ciudades por las que pasaba.
«Esta gloria, la del ferrocarril, corresponde al partido liberal, nadie se la podrá quitar; el partido conservador pudo hacerlo pero no lo hizo; a mí no me perdonarán jamás los conservadores por mi congratulación dirigida al general Alfaro» (Ilmo. Mons. Federico González Suárez).